La Chiesa di San Paolo Eremita di Brindisi è ancora oggi la più antica e famosa testimonianza in zona, di architettura gotica del XIV secolo, come dimostrato dalle monofore e dell'arco presenti.
Venne costruita, assieme al convento, al di sopra del sito donato da Carlo I d'Angiò ai frati francescani, dove in passato era situata la Dumus Margariti.
La struttura venne completata entro l'anno 1322 e diventò una delle più importanti sedi francescane presenti in Terra d'Otranto e nei primi anni del 1800 la chiesa, davvero pericolante, ha subito radicali cambiamenti, tra questi anche la facciata che rispetto a quella precedente stata arretrata di ben otto metri.
All'interno della Chiesa di San Paolo Eremita di Brindisi, che dispone di un unica navata con un grande soffitto a capriata che risale al 1505, si possono ammirare i bellissimi altari barocchi laterali, oltre ad alcuni frammenti di affreschi e tele risalenti al XIV secolo, come ad esempio La Madonna della Concordia.
Nella sagrestia invece si può notare l'armadio a muro in legno del 1725, mentre la vicina Cappella di San Francesco, fu voluta da Giovanni Moricino come sepolcro per il figlio. Molto famosa è anche la Macenula della Vergine Immacolata, definita anche Madonna del terremoto in quanto creduta miracolosa per aver dato la salvezza alla città del terremoto del 20 febbraio dell'anno 1743.