La città di Brindisi dispone di un bellissimo porto naturale, che per merito della posizione geografica e della conformazione, è stato sempre classificato come il più sicuro dell'intera zona del basso Adriatico. Sorge in una grande insenatura simile ad un imbuto e si suddivide in: porto esterno (delimitato a nord della diga di Punta Riso, a est dalle isole Pedagne, ad ovest dall'Isola di Sant'Andrea e a sud dalla terraferma), porto medio (sviluppato in uno specchio d'acqua racchiuso a nord dalla diga delle Bocche di Puglia),  e il porto interno (formato da due grandi diramazioni chiamate Senio di Levante e Senio di Ponente).
L'esclusiva morfologia del porto di Brindisi è il risultato dell'erosione avvenuta dalla foce dei corsi d'acqua, che nel corso degli anni hanno formato una valle fluviale in cui si è instaurato il mare; a suo tempo era presente anche una terza diramazione appartenente al porto interno, ovvero un canale detto La Mena, coperto nel XVIII secolo.
A levante, sono attive diverse banchine (10), tra cui Carbonifera, Dogana, Santa Apollinare, Centrale, Punto Franco e Feltrinelli, che formano uno sviluppo di circa 1.925 metri lineari, con i fondali che variano da 8 fino a 10 metri.